Il Santuario, nascosto in una piccola gola della valle Subequana, fra Castel di Ieri e Goriano Sicoli, conserva ancora l'isolamento e la quiete di un tempo.
Secondo la tradizione è stata eretta in onore della Madonna, quale atto di ringraziamento per aver liberato la contrada dalla peste.
Una leggenda sostiene che la Madonna sia apparsa sopra una parete rocciosa (da qui il nome di Pietrabona) e abbia salvato un contadino dall'alluvione.
Vari miracoli le vengono attribuiti, soprattutto sulle malattie dei bambini.
Si può ipotizzare una sovrapposizione del culto cristiano su un antico santuario dedicato alla dea Bona, visto che la zona era densamente popolata e che scavi archeologici hanno riportato alla luce resti di un tempio.
La Madonna di Pietrabona viene festeggiata il martedì dopo Pasqua quando, durante la processione, la statua viene portata fino al Santuario.